Hacı Mehmet Fevzi Köylü vasiyetinde mirasıyla bir Yatılı İmam Hatip Lisesi ve daha sonra geriye kalan parayla da Endüstri Meslek Lisesi yapılmasını vasiyet etmiş; vasiyetinden kısa bir süre sonra da vefat etmiştir. Vasiyet Tenfiz Memurluğunun sorumluluğunda inşaat için çalışmalara başlanmıştır. Vasiyette Okulun yapım yeri olarak Taylıeli Köyü yolu üzerindeki zeytinlik belirtilmişse de bu yer, belediye meclisi tarafından şehrin dışında olması nedeniyle kabul edilmemiştir. Terekenin yeni bir arsa arayışına girmesi sonucunda okulun şu anki arsası belirlenmiş; arsanın 2,5 dönümlük bölümünü Hacı Adil Başkurt bağışlamış, geri kalan kısmı da satın alınmıştır. Arsanın satın alınmasından sonra inşaata başlanmış ve inşaat 1997 yılında bitirilmiştir. Binanın Yatılı İmam Hatip Lisesi olarak açılması için Milli Eğitim Bakanlığına müracaat edilmiş, Hacı Mehmet Fevzi Köylü vasiyetinde İmam Hatip Lisesi şartını koyduğu için binanın başka bir eğitim kurumu tarafından kullanılması mümkün olmamıştır. 2004-2005 Eğitim-Öğretim Yılının başlangıcında Mersin-Bozyazı'daki soydaş öğrencilere hizmet veren Mersin Bozyazı İmam Hatip Lisesi'nin buraya taşınmasının kararlaştırılması sonucunda okul Balıkesir İmam Hatip Lisesi'nin şubesi şeklinde eğitim öğretime açılmıştır.

2006-2007 Eğitim-Öğretim döneminde ise bugünkü müstakil haline getirilmiştir.

Okulumuz 2020-2021 Eğitim Öğretim Yılı itibariyle Fen ve Sosyal Bilimler programı uygulanan okullar arasına katılmış ve yeni binasında hizmet vermeye başlamıştır.